Ekşi hamur mayası neredeyse 5000 yıldır bilinen bir yöntem olmaktadır. Ekmek, tarımın başlamasıyla ortaya çıkmış olsa da ekşi mayanın varlığı henüz ilk başlarda bilinmemektedir. Eski Mısırlıların ekmek ve ekşi maya ile ilgili önemli arkeolojik kalıntılarına rastlanılmaktadır. İlk ekşi mayanın doğada uçuşan yabani mantarların tesadüfen bulaşmasıyla keşfedilmiş olduğu düşünülmektedir. Bu nedenle iklim ve coğrafyanın farklı özelliklerine göre, ekşi mayaların tatları da değişiklik göstermekte ve buna bağlı olarak ekmekler de değişmektedir. Günümüzde tabii ki ilk ekşi mayayı üretmek için doğada mantar avcılığı yapılmıyor, ama başlangıç mayası için çeşitli denemeler yapılmaktadır.